MEF İlköğretim Okulu, eğitim felsefesini tam öğrenme modeli ile kavram, bilgi, beceri, tutum, davranış elementleri üzerine kurmuştur.
Buna bağlı olarak 1.-5. sınıflarda öğrenci merkezli eğitime işlerlik kazandıran sorgulamaya dayalı eğitim yapılmaktadır. Sorgulama programına temel teşkil eden ünite planları, o şubede derse giren bütün öğretmenler tarafından ortak olarak hazırlanır.
Öğrenciler yanlızca nota dayalı ölçme araçları ile değerlendirilmezler. Derslerde aynı zamanda oldukça zengin, notsuz - alternatif ölçme ve değerlendirme araçları da kullanılır. Rubrik (öğrenci ve öğretmenler tarafından ortak olarak belirlenen kriterler çizelgesi) çalışmalarıyla, öğrencinin olumlu davranışlara ve öğrenmenin önemine ilişkin farkındalık düzeyinin artması ve kendisini daha yakından tanıması sağlanır.
İlk beş sınıfta öğrencinin çalışma alışkanlığı, tutum, davranış, beceri gelişimi ve derslerdeki başarısı, her ders için ayrıntılı olarak ayrı ayrı ele alınır. Gelişim karnesi ile her ara dönem sonunda veliler bilgilendirilir. Gelişim Karnesi, öğrencilerin kişisel gelişimlerini, çalışma alışkanlıklarını ve derslerdeki başarılarını ayrıntılı olarak gösteren notsuz bir karnedir. Her dersin açılımı ayrıntılı olarak yapılmıştır.
1-6. sınıf öğrencileri, bir yıl boyunca edindikleri bilgi, tutum, davranış ve becerilerine ilişkin hazırladıkları portfolyo dosyaları ile gelişimlerini bizzat kendileri, annelerine ve babalarına sunarlar. Bu sunum; yıl içinde yarım saat süre ile öğrenci merkezli veli toplantısı adıyla gerçekleştirilir. Sunumda teknolojinin tüm olanaklarından yararlanılır. Dolayısıyla veliler çocuklarının gelişimlerini, bizzat çocuklarının yaptığı sunumlarla görme fırsatı bulurlar.
İlköğretim 1.-2. sınıflarında iki öğretmen, 3. sınıflarda ise destek öğretmen uygulaması vardır.
Türkiye'de ilk olarak MEF Okulları'nda uygulanan bu yöntem, dünyada pek çok ülkede uygulanmaktadır. Öğretmenlerden biri, hazırlanan plana göre öğrencilerle birlikte dersi işlerken, diğer öğretmen öğrencileri izler, dikkati dağılan öğrencilerle ilgilenir, sessizce motivasyonlarını sağlayarak, çalışmalarında güçlük çeken öğrencilere destek verir. İki öğretmenin sınıfta uyum içinde hareket etmeleri ve yeri geldiğinde anlatımı birbirlerine devretmeleriyle sağlıklı bir öğretim ortamı sağlanır. 3. sınıfta 2. öğretmen "destek öğretmen" görevini üstlenir ve grup çalışmalarında sınıf öğretmenine yardımcı olur. Sistem branşlaşmanın başladığı 4. sınıfa geçişi daha kolay hale getirmektir.
Öğrencilerin gelişimi aylık gözlem formlarıyla ve rubriklerle izlenir. 4.-8. sınıflarda ise her ünite sonunda öğrencilerin ünite ile ilgili hedef davranışlarını kazanıp kazanmadıkları izleme testleri ile kontrol edilir, sonuçlar veli ile paylaşılır. İlköğretim Okulu'nun belirlediği "Tam Öğrenme Modelindeki" hedeflere, herhangi bir nedenden dolayı ulaşmakta zorluk çektiği düşünülen öğrencilere bireysel olarak tamamlama çalışmaları uygulanır.
Ayrıca; 4.-8. sınıflarda öğrenci başarısını değerlendirmek amacıyla bir veya daha fazla üniteyi kapsayacak şekilde erişi sınavları uygulanır. 6, 7 ve 8. sınıflarda Matematik ve İngilizce derslerinde homojen sınıflar oluşturularak öğrencilerin bilgiyi eksiksiz olarak edinmeleri amaçlanır.
6, 7 ve 8. sınıflarda merkezi sıınavlarda öğrenci başarısını artırmak amacıyla SBS çalışmaları yapılır. 2-8. sınıflarda düzenli aralıklarla öğrencilere Ölçme Değerlendirme Birimi tarafından deneme sınavları uygulanır. Çalışmaların desteklenebilmesi ve organizasyonda bütünlüğün sağlanabilmesi için Türkçe, Matematik, Fen ve Teknoloji, Sosyal Bilimler ve İngilizce bölümlerinden oluşan bir takım kurulmuştur. Aynı zamanda uygulamalı derslerden (Beden Eğitimi, Müzik ve Sahne Sanatları, Plastik Sanatlar ve Bilgisayar) oluşan ikinci bir takım oluşturulmuştur. Takım çalışmasının amacı; 4.-8. sınıflarda ortak bir dil oluşturabilmek, her bölümün hedeflenen başarıya bölümler bazında değil takım çalışması ile ulaşabilmesini sağlamaktır